Mahito verliert bei einem Luftangriff auf Tokio seine Mutter. Als wenige Zeit später sein Vater die jüngere Schwester seiner verstorbenen Frau heiratet, leidet Mahito sehr unter dieser Familiensituation. Doch er schöpft neue Hoffnung, als er einen mysteriösen Turm entdeckt und ihm ein sprechender Graureiher mitteilt, dass seine Mutter noch am Leben ist. Daraufhin betritt er den Turm und damit eine magische Welt voller fantastischer Geschöpfe.