Thomas und Maddie fahren in den Urlaub, während Sonic allein in den sonnigen Green Hills zurückbleibt. Und schon bald muss er sich bewähren: Der wahnsinnige Wissenschaftler Dr. Robotnik ist zurück und hat mit seinem Partner Knuckles Verstärkung mitgebracht! Die beiden suchen nach einem mächtigen Smaragd, der unter keinen Umständen in die falschen Hände geraten darf. Nun liegt es an Sonic, den Plan von Robotnik zu vereiteln.