Die Erde wird von einer neuen Gefahr bedroht. Der mysteriöse schwarze Igel Shadow ist aus dem Nichts aufgetaucht und hinterlässt, mit seiner ungezähmten Kraft und seiner blinden Wut, eine Schneise der Verwüstung. Da Sonic und seine Freunde, Knuckles und Tails, dem übermächtigen Gegner nichts entgegenzusetzen haben, sehen die Drei sich gezwungen, alle Register zu ziehen und sich sich auf einen fragwürdigen Verbündeten einzulassen.