Das ehemalige Boss Baby Ted und sein Bruder Tim sind im erwachsenen Alter angekommen. Tim ist sogar mittlerweile selbst Vater von zwei Töchtern, während Ted das macht, was er am besten kann: Der Boss sein. Als Tina, die jüngste Tochter, sich als Undercover-Agentin der BabyCorp herausstellt, berichtet sie von einer großen Bedrohung. Um die Machenschaften des fiesen Dr. Armstrong zu verhindern, müssen Tim und Ted zu Babys verjüngt werden!